Corona-Genomsequenzierung: Mitteldeutsche Firma „nanozoo“ startet Portal zur kostenlosen Datenanalyse
Das mitteldeutsche Startup-Unternehmen „nanozoo“ – Mitglied des InfectoGnostics Forschungscampus Jena – bietet ab dem 28. Januar 2021 ein Portal für die kostenlose Analyse und Aufbereitung von Rohdaten aus der Genomsequenzierung von SARS-CoV-2-Isolaten an. Binnen weniger Stunden werden die Daten angemeldeter Nutzer aufbereitet und zur Verfügung gestellt. Die resultierenden Genomsequenzen werden anhand der durch das Robert Koch-Institut definierten Qualitätsmetriken geprüft, die Auskunft darüber geben, ob ein Datensatz den Qualitätsstandards für die Übermittlung an das Bundesinstitut entspricht.
Das junge Startup-Unternehmen „nanozoo“ aus Leipzig schaltet ab 28. Januar das Portal nanozoo.cloud live, das Labore bei der Aufbereitung von Rohdaten aus „MinION“ Genomsequenzierungen unterstützt. Mit einem nachfolgenden Update können ebenfalls „Illumina“-Daten analysiert werden. Für Rohdaten aus der Sequenzierung von SARS-CoV-2-Proben wird der Service kostenlos für angemeldete Nutzer aus Deutschland zur Verfügung gestellt. „Für uns ist das eine Möglichkeit unser neu entwickeltes Portal einem Stresstest zu unterziehen und zugleich einen Beitrag zur Bekämpfung der Corona-Pandemie zu leisten. Für die Labore entfällt hingegen ein sonst sehr zeitaufwendiger, manueller Schritt bis zu einem verwertbaren Ergebnis“, erläutert Dr. Christian Brandt, Molekularbiologe am Institut für Infektionsmedizin und Krankenhaushygiene des Universitäts-klinikums Jena und einer der drei Firmengründer.
Die vollständige Analyse und Aufbereitung der Rohdaten dauert – je nach Größe des Datensatzes – lediglich zwischen 30 Minuten und wenigen Stunden. Dabei gehören die Daten weiterhin vollständig den einreichenden Nutzern und können anschließend selbstständig an das RKI übermittelt werden. Aufgrund der Gefahr nicht erkannter Corona-Mutationen hatte die Bundesregierung am 18. Januar zur Übermittlung von Genomsequenzdaten aus positiv auf SARS-CoV-2 getesteten Patientenproben aufgerufen und pro Sequenzierung eine Vergütung von 220 Euro ausgeschrieben bei entsprechender Genomqualität. Hierfür hat nanozoo auch eine Qualitäts-Metrik in dem Portal integriert, die Auskunft darüber gibt, ob die Daten den RKI-Qualitätsstandards genügen und sich für eine Übermittlung eignen.
Darüber hinaus waren die drei Unternehmer gemeinsam mit weiteren Partnern aus Berlin, Jena und Bad Langensalza an einer aktuellen, vorab veröffentlichten Studie beteiligt, in der das SARS-CoV-2-Genom aus Thüringer Stichproben mit in Deutschland, Europa und weltweit verbreiteten Viruslinien verglichen wurde.
Portal: https://nanozoo.cloud
_____Über die nanozoo GmbH:
Nanozoo bietet Dienstleistungen und Beratungen für sequenzbasierte Fragestellungen an. Dafür stellt das Team End-to-End-Analysen bereit, um die datenintensive Biologie von der Probe bis zum Bericht für den Kunden zu automatisieren. Statt auf Kulturen und Mikroskope setzt das Startup-Unternehmen dabei auf Daten und Code, um einen besseren Einblick in die mikrobielle Welt zu liefern. Dazu werden etablierte Algorithmen genutzt, aber auch eigene Methoden zur bioinformatischen Analyse auf Basis von Künstlicher Intelligenz entwickelt. Nanozoo hat sich zudem darauf spezialisiert, umfangreiche Datenbanken von mikrobiellen Genomen und ihren Phänotypen zu generieren, die Hunderttausende von Datensätzen umfassen.
_____Über den InfectoGnostics Forschungscampus Jena
Der InfectoGnostics Forschungscampus Jena beschreitet als öffentlich-private Partnerschaft neue Wege in der Diagnostik von Infektionen und Erregern, wie z.B. Viren, Bakterien und Pilzen. InfectoGnostics wird durch das BMBF im Rahmen der Förderinitiative „Forschungscampus – öffentlich-private Partnerschaft für Innovationen“ mit zusätzlicher Unterstützung durch das Land Thüringen gefördert. Etwa die Hälfte des benötigten Etats finanzieren die beteiligten Partner.
Wissenschaftlicher Ansprechpartner:
contact@nanozoo.org
Weitere Informationen:
https://nanozoo.cloud/faq
Die semantisch ähnlichsten Pressemitteilungen im idw
